時は20XX年、日本にはサイボーグが日常に溶け込んでいた。 人間は地球防衛のために人工知能JUDA（ユダ）を開発。経過は順調に思えた矢先、なんとJUDAが人間を襲い始めたのだ。

理由は、人間が核戦争を起こそうとしたことにあった。核戦争が地球を破滅に追いやる、それを企てる人間こそが地球の敵なのだと、JUDAは見なしたのだ。この人間VSサイボーグの戦いは、日本を壊滅的な状況にまで追いやった。

そこに目をつけた軍事企業「４thダイアモンド」は、自らの利益を上げるために「超大量破壊兵器」の開発に乗り出した。その秘密兵器は完成を目前にしてテロ組織「アルカロイド」に奪われてしまう。 完成すれば連合軍と最終戦争に陥る危険を察知し、自警団「レジスタンス」が立ち上がった。

そんな中、記憶を取り戻すために戦い続けていたアイアンガール、早乙女クリス（明日花キララ）は、助けを求める少女の不思議な声に悩まされていた。

ある日、ブッチとの戦いでレジスタンス隊員の葛城ジョー（青柳尊哉）と巡り合ったクリスは、一先ずレジスタンス本部に身を寄せる。

一方、最強サイボーグと化したダイアナ（赤井沙希）は、アルカロイドの手下として、クリスの命を狙っていた……。

レジスタンスとアルカロイドの攻防が続く中、クリスは運命的な出会いを果たす。その相手は謎の少女サラ。クリスの脳裏に聞こえていた声の主は、何とサラだったのだ。 そんな二人は不思議と心を寄せ合っていく……。しかし、そのサラこそが、「超大量破壊兵器」である SARA（天木じゅん）だったのだ・・・・・・。